No anos de 1614, no auge do Japão Feudal, para resolver a disputa pela sucessão do Xogunato, Ieyasu Tokugawa quebra um acordo de paz feito entre os clãs rivais de Tsubagakure Iga e de Manjidani Kouga, que era mantido há muitos anos, apesar de ainda haver ódio entre os clãs. A quebra do acordo inicia um grande derramamento de sangue entre os dois lados, que decidem resolver com base na força os anos de ódio reprimido. A guerra ninja começa no momento em que estava para acontecer um casamento entre os futuros jovens líderes dos dois lados (Gennosuke de Kouga e Oboro de Iga) o qual firmaria a paz entre os clãs. Por esse motivo os dois enamorados são tragados por traições, armadilhas, dilemas, ódios seculares e amores reprimidos; a dualidade entre cumprir o dever para com o clã ou ignorar a guerra para viver o amor. A história é repleta de batalhas entre os dez ninjas de cada lado, cada um com uma técnica ninja sobre-humana.
Com Lord Ieyasu chamando Ogen e Danjo - líderes do clã ninja Iga e Kouga, para demonstrar as próprias habilidades de cada ninja de elite. Impressionado, Ieyasu declara a batalha contra os clãs para determinar o próximo Shogun.
Após a morte de Ogen e Danjo, sem saber que morreram, Gennosuke e Oboro estão planejando seu casamento que pode unir e trazer paz aos clãs. No entanto, o clã Iga aguarda com expectativa a guerra contra o clã Kouga depois de obter um pergaminho.
O clã Iga sai para caçar e matar Kazamachi, que tem o segundo pergaminho. Com Tenzen liderando, alguns membros do clã Iga planejam garantir que nenhuma notícia do início da guerra se espalhe para os Kouga.
Pensando que a paz virá em breve, Gennosuke e Udono comemoram com Oboro e os Igas. No entanto, o clã Iga planeja assassinar Gennosuke e Udono durante a festa.
O clã Kouga está preocupado com a declaração de Gennosuke em Tsubagakure, mesmo eles foram informados sobre o tratado de paz. Eles não foram informados sobre a guerra que surgiu entre os clãs. Saemon decide enviar sua irmã mais nova, Okoi, para encontrar Gennosuke.
Os Kougas agora sabendo que algo drástico deve acontecer em Sunpu, decidem investigar sabendo que os Igas não atacariam sua aldeia se a paz estivesse chegando. No entanto, quando os Igas voltam para casa, eles veem Okoi, um dos Kouga Ten listados, e decidem mantê-la em cativeiro.
Enquanto Rousai ataca Okoi para descobrir as habilidades de luta dos Kougas restantes vivos, Koshiro é enviado para dizer a Oboro que ela deve se encontrar com Tenzen. No entanto, quando Saemon é capaz de entrar em Tsubagakure disfarçado de Yashamaru, o que ele vê será a coisa mais horrível de sua vida.
Com Tousai morto e o pergaminho ninja do senhor Teyasu perdido para o Iga, o plano de destruir o Kouga despercebido está lentamente desmoronando. Com suas últimas palavras, Okoi diz a Saemon a verdadeira localização do registro. Determinado a sair vivo, Saemon vai segurar seu ardil por tempo suficiente para sair com o pergaminho em suas mãos e se vingar pela morte de sua irmã ao longo do caminho.
Com o pergaminho agora na posse de Gennosuke, ele toma a decisão de se envolver em guerra ou não. No entanto, sendo atacado por Koshiro e os outros ninjas mortais, Gennosuke pode ter dificuldade em sair da vila.
Gennosuke devolve o pergaminho para o Iga e emite um desafio de que, se eles atacarem a vila Kouga, serão aniquilados. As pessoas que restaram podem viajar para Sunpu e se juntar a eles. Tenzen aceita o desafio
Saemon, agora com a aparência de Nenki, começa a enfrentar Hotarubi. Enquanto os Kouga se preparam para continuar para Sunpu, Tenzen sabendo que não podem esperar por Nenki e Harutobi, lidera os Igas através do oceano na esperança de parar Gennosuke antes que ele chegue ao seu destino.
Enquanto o resto dos Igas cruza o mar, Tenzen avança em direção a Oboro, deixando Koshiro dividido entre seu mestre e o líder do clã. Com toda a confusão, isso é a oportunidade perfeita para um inimigo fazer seu movimento.
Em um momento mais leve antes da desintegração do pacto de não-hostilidades, a conversa sobre um casamento arranjado agitou os clãs, mas alguém poderia se casar com um cônjuge que eles sabiam ser seu inimigo?
Enquanto os Kogas continuam sua jornada para Sunpu, o falcão de Oboro voa carregando um pergaminho. Enquanto dois ninjas perseguem o falcão, Tenzen faz seu movimento apenas para encontrar algo que ele não esperava.
Oboro e Akeginu descobrem os corpos sem vida de Hyoma e Koshiro. Pensando que Koshiro foi morto por Hyoma, Akeginu apunhala repetidamente o corpo já morto de Hyoma.
Oboro lança um desafio para tirar Gennosuke do esconderijo. Enquanto isso, com Kagero cativo, Tenzen a tortura com agulhas. Gennosuke finalmente chega.
Com Tenzen derrotado, Gennosuke leva Kagero embora. No entanto, querendo estar com ele, ela tenta matá-lo com seu hálito venenoso. Os olhos de Oboro estão finalmente abertos.
Basilisk
Basilisk kouga ninpou chou
Basilisk: Kôga ninpô chô
Basilisk: The Ouka Ninja Scrolls
