Durante a construção original da barragem, um antigo artefato foi descoberto, e por isso o Instituto de Investigação de Kurobe das Nações Unidas foi criado. Intelectuais de todo o mundo reuniram-se para estudar o objeto, e os filhos destes pesquisadores frequentam a escola de ensino medio internacional do Monte Tate, incluindo a filha do chefe do instituto, Yukina Shirahane. A história começa quando um samurai solitário desperta mais uma vez.
Depois que o piloto inimigo toma uma atitude inesperada, Yukina perde a vontade de lutar. Na escola, ela ouve que Akagi e Kayahara ainda não apareceram.
As exigências dos invasores causam problemas, e Yukina sai de casa para evitar uma batalha. Kennosuke vai atrás dela, mas percebe que não sabe nada a seu respeito.
Um enorme geoframe inimigo aparece, mas o centro fica sem o poder necessário para combatê-lo sem a presença de Yukina. Ken, Akagi e Kayahara continuam as buscas.
O piloto inimigo foge inesperadamente e consegue restaurar o geoframe. Yukina é ordenada a se posicionar no Kuromukuro, mas encontra o piloto no caminho.
O Instituto de Pesquisa entra em pânico com o desaparecimento de Yukina. Dr. Hausen descobre algo surpreendente. Enquanto isso, Sophie recebe uma mensagem misteriosa.